Ключевые моменты:
Проект, после клонирования из репозитория (плюс настройка и наполнение окружения), должен быть работоспособен.
В репозитории не должен храниться файл local_settings.py, там должен быть local_settings.py.template, в котором указаны параметры конфигурации, которые следует изменить на продакшене.
Скопировать шаблон в local_settings.py и настроить под окружение разработчика.
Скопировать шаблон в prod_settings.py и настроить под окружение продакшена.
При деплое проекта, локальный файл prod_settings.py копируется на удалённую машину под именем local_settings.py.
В общем-то, очевидные вещи написал.
Спасибо всем за ответы. В общем то понятно, только немного не понял сколько в итоге у меня получится файлов settings, 1) local_settings, 2) prod_settings, 3) просто-settings?